औरंगाबाद-दोषी ठरलेल्या स्वस्त धान्य दुकानदाराचा परवाना बहाल केल्याप्रकरणी मुंबई हायकोर्टाच्या औरंगाबाद खंडपीठाने गिरीश बापट यांनी मंत्रीपदाचा गैरवापर केल्याचा ठपका ठेवला आहे. गिरीश बापट कर्तव्यपालनात कसूर केल्याचे या प्रकरणात स्पष्ट दिसते. गिरीश बापट यांनी पदाचा गैरवापर करुन आणि कायद्याची पायमल्ली करत अशा प्रकारचे अनेक आदेश पारित केले, असे हायकोर्टाने सांगितले आहे.
बीडमधील मुरंबी गावात राहणारे साहेबराव वाघमारे यांनी बिभीषण माने यांच्याविरोधात जिल्हाधिकारी व जिल्हा पुरवठा अधिकाऱ्यांकडे तक्रार केली होती. माने यांचे स्वस्त धान्य दुकान असून ते शिधापत्रिकाधारकांना स्वस्त माल देत नाही व हा माल काळ्या बाजारात विकतात, असा आरोप त्यांनी केला होता. अंबाजोगाईच्या तहसीलदारांनी या प्रकरणाची चौकशी केली होती. यात दुकानदार माने दोषी आढळल्याने त्यांचा परवाना रद्द करण्यात आला होता. जिल्हा पुरवठा अधिकाऱ्यांनी केलेल्या चौकशीतही तो दोषी आढळल्याने हे प्रकरण शेवटी अन्न व नागरी पुरवठा मंत्री गिरीश बापट यांच्याकडे पोहोचले. बापट यांनी दुकानदार माने याला आणखी एक संधी देत परवाना बहाल केला. ही संपूर्ण घटना २०१६ सालची होती.
बापट यांच्या निर्णयाविरोधात साहेबराव वाघमारे यांनी अॅड. सिद्धेश्वर ठोंबरे यांच्यामार्फत हायकोर्टाच्या औरंगाबाद खंडपीठात धाव घेतली होती. याचिकेत बापट यांच्या निर्णयाला आव्हान देण्यात आले होते.