मुंबई-डॉ.नरेंद्र दाभोलकर, गौरी लंकेश आणि गोविंद पानसरे हत्याप्रकरणात संशयित आरोपींची तसेच नालासोपाऱ्यातून वैभव राऊतला झालेली अटक या प्रकरणात कट्टर हिंदुत्ववादी संघटनांचा संबंध असल्याचा आरोप होत आहे. याचा संदर्भ देत सनातनने निरपराध हिंदूंना अटक होत असल्याने आरोप करत साधकांमध्ये भीती निर्माण होणे स्वाभाविक असल्याने नामजप आणि प्रार्थना करत राहावी, असे म्हटले आहे.
सनातन संस्थेच्या ‘सनातन प्रभात’ या संकेतस्थळावरुन साधकांना सूचना देण्यात आल्या आहेत. साधकांनी नामजप आणि प्रार्थनेचे प्रमाण वाढवावे अशा सूचना केल्या आहेत.
सनातन संस्थेचे विरोधक सनातन संस्था आणि संस्थेचे साधक यांच्यावर ‘राष्ट्रविरोधी संघटना’ असा ठपका ठेवून संस्थेवर बंदी घालण्याचा खटाटोप करत आहेत, असा आरोप यात करण्यात आला आहे. विरोधकांचे हस्तक जिज्ञासू असल्याचा तसेच सनातनच्या कार्यात रस असल्याचे सांगून सनातनचे आश्रम किंवा साधकांच्या निवासस्थानी येऊन काही आक्षेपार्ह वस्तू ठेवू शकतात. त्यामुळे अशा अनोळखी व्यक्तींपासून लांब रहावे व त्यांना आश्रमाच्या आवारात येऊ देऊ नये, असे देखील यात म्हटले आहे.